Questo design avvantaggia in particolare le caratteristiche di bilanciamento del peso e di torsione. Oltre alla struttura leggera e compatta, l'olio del cambio supplementare che precedentemente era necessario per la lubrificazione del cambio, non è più necessario. Come in precedenza, la dentatura obliqua a elevata resistenza è utilizzata sulle ruote dentate per un innesto marce morbido, silenziosità di marcia e migliore fluidità. E ancora, gli alberi del cambio sono dotati di cuscinetti anti attrito sulla nuova trasmissione mentre le ruote dentate (libere) girano su cuscinetti ad aghi per un attrito ridotto. Le ruote dentate e quindi le marce si innestano mediante un tamburo selettore in acciaio, montato su cuscinetti a sfera, tre forcelle di commutazione carbocementate con estremità cromate e manicotti scorrevoli per la realizzazione sempre in presa degli ingranaggi della marcia.
La trasmissione, montata per la prima volta su una R 1200 GS e che è la prima serie di motori boxer di BMW Motorrad, ha una frizione multidisco a bagno d'olio con otto dischi guarniti al posto della precedente frizione monodisco a secco. I vantaggi di questa soluzione sono un minore momento d'inerzia dovuto a un diametro esterno significativamente ridotto (147 mm) rispetto al precedente (180 mm) e un design complessivo più compatto. Per la prima volta su un motore boxer, l'impianto frizione è dotato di un meccanismo antisaltellamento. Con questo meccanismo viene rilasciata meno si ha meno freno motore sulla ruota posteriore, in modo tale che la moto sia ancora più stabile e sicura in frenata.
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